Termin ten ma różne pojęcia, a każdy z nich będzie zależał od specjalności naukowej, w której jest stosowany. Na przykład w biologii epigeneza to stara teoria o mechanizmie rozwoju człowieka, czyli zarodek ewoluuje począwszy od zygoty, która nie została jeszcze wyróżniona, co wskazuje na brak miniaturowych elementów, organów które są już obecne w gametach.
Ta teoria jest sprzeczna z teorią preformacji, która głosi, że ewolucja zarodka reprezentuje wzrost organizmu, który został już wcześniej uformowany. Jednakże , zgodnie z epigeneza, narządy, które tworzą zarodek powstają znikąd, przez bodźce pochodzące z otoczenia.
Teoria ta interpretuje ostateczny mechanizm strojenia, za pomocą którego każda istota jest skutecznie sprzężona ze swoim środowiskiem, zaczynając od zdolności zawartych w jej kodowaniu genetycznym. Ponieważ geny są na ogół częścią nieco skomplikowanej sieci interakcji, które utrzymują sprzężenie zwrotne. Dlatego nie postępują samodzielnie.
W całej historii zawsze toczyła się debata, która konfrontuje teorię epigenetyczną z preformacją. Jednak preformacjonizm dobiega końca, w tym samym momencie, w którym technologia była w stanie pokazać epigenetyczne pochodzenie narządów. Należy dodać, że debata ta była jedną z najbardziej historycznych, jakie kiedykolwiek widziano, odbyła się w XIX wieku.
Obecnie, w dziedzinie mineralogii epigeneza termin ten odnosi się do modyfikacji chemicznej natury z minerału, bez konieczności zmieniania struktury.
