Reprezentują połączenie dwóch lub więcej aminokwasów poprzez połączenie między oryginałem a peptydami. W produktach i białkach wiązania te są związane z wiązaniami peptydowymi i wynikiem reakcji grupy karboksylowej z inną grupą aminową, z eliminacją cząsteczki wody.
Peptyd wiązanie (-CO-NH-) jest zwykle reprezentowane przez pojedyncze wiązanie. Bez jednak ma szereg właściwości, które w przybliżeniu w postaci podwójnego wiązania. Ponieważ azot jest mniej elektroujemny niż tlen, wiązanie CO ma 60% charakteru wiązania podwójnego, podczas gdy wiązanie CN wynosi 40%. Dlatego wiązania CO i NC wiązania peptydowego mają charakterystykę pośrednią między wiązaniem pojedynczym a wiązaniem podwójnym. W rzeczywistości odległości międzyatomowe mierzone w wiązaniach CO i CN są pośrednikami między pojedynczymi połączeniami a wiązaniem podwójnym. Ten układ atomowy jest stabilizowany przez rezonanstak, że sześć atomów biorących udział w tworzeniu wiązania peptydowego znajduje się w tej samej płaszczyźnie.
Inną ważną konsekwencją rezonansu jest to, że zwiększa biegunowość wiązania peptydowego i ustanawia moment dipolowy (prawa rycina w tabeli powyżej). Z tego powodu każde wiązanie peptydowe może uczestniczyć w dwóch wiązaniach wodorowych. W jednej z nich grupa -NH- działa jako donor wodoru, aw drugiej grupa -CO- działa jako receptor wodoru. Ta właściwość znacząco przyczynia się do trójwymiarowego fałdowania białek, jak zobaczymy później.
Częściowy charakter wiązania podwójnego zapobiega swobodnemu obracaniu się wiązanie, które łączy się z atomów węgla, a n w wiązaniu peptydowym. Ta sztywność podwójnego wiązania ogranicza konformacyjne możliwości peptydów. Istnieją dwie możliwe konfiguracje:
- Konfiguracja Cis: dwa Ca są po tej samej stronie podwójnego wiązania.
- Konfiguracja trans: dwa Ca są po innej stronie podwójnego wiązania.
Należy zauważyć, że na ogół wiązanie peptydowe jest reprezentowane jako wiązanie pojedyncze. W każdym razie ma kilka cech, które sprawiają, że jest zbliżony do podwójnego wiązania. Dlatego specjaliści ogólnie wspominają, że wiązanie peptydowe ma właściwości, które umieszczają je w połowie drogi między wiązaniem pojedynczym a wiązaniem podwójnym.
