Katakumby powstały w nawiązaniu do Katakumb Rzymu, nazwy pierwotnie nadanej starożytnemu cmentarzowi położonemu niedaleko Via Appia. Cmentarz Niewiniątek (w pobliżu Saint-Eustache w obszarze Les Halles) nie był używany przez prawie dziesięć wieków i stała się źródłem od zakażenia dla mieszkańców. Po licznych skargach Rada Stanu postanowiła 9 listopada 1785 roku zakazać dalszego użytkowania Cmentarza Niewiniątek i zlikwidować jego zawartość.
Do odbioru szczątków wybrano nieczynne kamieniołomy; miasta Paryża właśnie ukończyli ogólną inspekcję kamieniołomach w celu wzmocnienia dróg publicznych osłabione przez nich. Prace budowlane prowadzono w kamieniołomie „Tombe-Issoire”, przy użyciu dużych ilości kamienia, wzmacniając galerie i kończąc poprzez wykopanie klatki schodowej, flankowanej szybem, do którego można było wrzucić kości.
Przeniesienie szczątków może rozpocząć się po błogosławieństwo i poświęcenie placu w dniu 7 kwietnia 1786 roku i trwała do 1788 roku, zawsze o zmierzchu i po ceremonii, w której procesja kapłanów w komży śpiewał usługę zmarłych. na trasie rydwany wyładowane kośćmi, które były zakryte czarnym welonem. Następnie, aż do 1814 roku, miejsce to otrzymało pozostałości wszystkich cmentarzy Paryża.
Były inne powody, które skłoniły do wyboru podziemnych wykopalisk. W chrześcijan poczucie wspólnoty było przeżywane z wielką siłą: oni też chcieli być razem w „ marzyć o śmierci ”.
Zgodnie z prawem rzymskim grzebanie zmarłych w obrębie murów miejskich było zabronione, wszystkie katakumby znajdowały się wzdłuż wielkich dróg konsularnych i ogólnie na ówczesnych przedmieściach.
Katakumby Paryża zostały ponownie otwarte 14 czerwca 2005 roku, po kilku miesiącach zamykania na budowę. Dostosowano oświetlenie, wzmocniono sklepienia i zmieniono położenie kościanych ścian.
