W nauce błękit metylenowy jest znany jako chlorek metylotioniny, jest to barwnik używany jako barwnik do pigmentowania niektórych części ciała, przed lub w trakcie operacji. Lekarze zasadniczo używają go jako środka antyseptycznego i wewnętrznego kauteryzatora.
Jest również używany jako farba w plamach do obserwacji pod mikroskopem oraz do malowania wyników w laboratoriach, ponieważ ma zdolność barwienia moczu i kału. Wreszcie jest również stosowany w leczeniu w celu zmniejszenia methemoglobiny. Wśród swoich cech charakterystycznych jest to, że jest to element składa się z kryształów, o jasnym ciemno zielonego koloru, to jest bez zapachu i nie zmienia się w powietrzu.
Łatwo rozpuszcza się w wodzie i ostrożnie w alkoholu, a w kontakcie z nimi zmienia kolor na ciemnoniebieski, służy również do zwalczania grzybicy paznokci, może być również używany do malowania białych ubrań, gdy jest zaczyna żółknąć.
W akwakulturze jest szeroko stosowany w leczeniu infekcji u ryb tropikalnych, jest bardzo skuteczny w zwalczaniu pasożyta pierwotniaka, który wywołuje infekcje u ryb. Zasadniczo służy do dbania o jaja niedawno złożone przez ryby, aby nie zostały zakażone bakteriami lub grzybami, jest bardzo przydatne, jeśli chcesz sztucznie wysiadywać jaja. Ludzie mogą kupić błękit metylenowy bez recepty, jest on zwykle stosowany jako miejscowy środek antyseptyczny.